佐土原駅の住みやすさ！治安・家賃相場・クチコミ(宮崎県)

駅舎に接した単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線の合計2面3線を有する地上駅で、ホーム間の連絡には跨線橋を使う。主に島式ホーム（2・3番線）を使用するが、当駅始発・終着の気動車列車は単式ホーム（1番線）を使用する（1番線はかつて妻線が使用していたが、現在は車止めが設置されており延岡方面へ進むことはできない）。九州交通企画が駅業務を行う日本の鉄道駅業務委託駅で、マルス (システム)・マルスは無いが駅収入管理システム・POS端末が設置されている。