二本木駅の住みやすさ！治安・家賃相場・クチコミ(新潟県)

現在は全国でも数少なくなったスイッチバック式の駅となっている。専用鉄道・専用線が分岐していた関係で現在もこの構造が維持されている。信越本線の各駅ではこの駅が唯一である。島式ホーム1面2線を持つ地上駅。構内の東側にある駅舎とは地下通路で連絡している。ジェイアール新潟ビジネス業務を受託する日本の鉄道駅業務委託駅・業務委託駅である。駅舎内には出札窓口がある。以前は売店があったが、既に撤去されている。便所・トイレは駅舎横（北側）にある。窓口営業時間は7時20分から17時50分まで。JR貨物の駅は、専用鉄道・専用線発着のコンテナ貨物・専用線発着の車扱貨物の取扱駅となっている。側線から分岐し、駅西側にある日本曹達二本木工場へ続く専用線があり、コンテナやタンク車による製品・原料輸送が行われていたが、2007年（平成19年）3月30日限りで廃止された。現在、貨物列車の運行はない。2006年（平成18年）8月までは、コンテナタンクコンテナ・タンクコンテナで製品のメチオニンを本牧埠頭駅へ、原料のアクロレインを大竹駅や北九州貨物ターミナル駅から輸送し、タンク車で原料のシアン化ナトリウム・青化ソーダを輸送していたが、同工場でのメチオニン製造が終了したためすべて廃止された。それ以降は、水酸化ナトリウム・苛性ソーダや水酸化カリウム・苛性カリ輸送が小規模に行われていた。