亀川駅の住みやすさ！治安・家賃相場・クチコミ(大分県)

単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅になっている。ほかに留置線が設置されている。この留置線は島式ホームの3番線側に設置されており、当駅発着列車（主に普通列車）の留置以外に、別府駅 (大分県)・別府駅発着列車（主に特別急行列車・特急列車）のうち、間合いの長い列車の留置にも使用される。駅舎は老朽化に加え、バリアフリーの観点から橋上駅・橋上駅舎に建替えられた。改札口は2階に設けられている。旧駅舎は1911年（明治44年）築の大型木造駅舎であった。九州交通企画が駅業務を遂行する業務委託駅で、みどりの窓口が設置されている。2012年以降にICカードSUGOCAを当駅に導入予定である。当駅の始発は5時50分であるが、23時頃に当駅で折り返す列車がある。