萩山駅の住みやすさ！治安・家賃相場・クチコミ(東京都)

単式1面1線ホームと島式1面2線ホームを持つ地上駅で、橋上駅・橋上駅舎を有している。島式ホーム部分が1・2番線、単式ホーム部分が3番線となっている。歴史的な経緯（歴史・後述）から大変複雑な線路構造になっており、発着ホームも変則的である。駅構内には売店がある。定期乗車券・定期券を窓口及び自動定期券発売機で発売していたが、2010年（平成22年）5月1日に窓口が廃止された。 2009年（平成21年）の改良工事完成に伴い、エレベーターが新設された。