六本木一丁目駅の住みやすさ！治安・家賃相場・クチコミ(東京都)

島式ホーム1面2線を有する地下駅である。改札は地下2階、ホームは地下4階にある。地上との間には、エレベーター・エスカレーターが設置されている。開業から2年後の2002年8月に、改札口をそれまでよりも5メートルほど外側へ移設する改修を行っている。その結果、1・2番出入口への階段が従来の改札内の位置になったため、階段の取付部を改札の外側へ向けた。従来の取付部はシャッターを降ろしたままになっている。また、3番出入口への通路の取付部も移設が必要になったため、改札内との境界に柵を設けて対応した。やや不自然にも見える構造はこの改修によるものである。