藤森駅の住みやすさ！治安・家賃相場・クチコミ(京都府)

相対式2面2線ホームを持つ地上駅。出町柳方面ホームは淀屋橋方面ホームより北側へ数両分ずれて設置されており、ホームの真上を名神高速道路が通っている。改札口は東西両側にあり、90年代半ばに自動改札機が導入された。駅の南側には踏切が、北側には地下自由通路が駅の両側を通じている。バリアフリー設備として、車イス対応のエレベーター・多目的トイレが設置されている。1980年代半ばより、駅名にちなんでホームの柱を薄紫（藤色）に塗りかえられていたことがある出典元・駅置き広報誌「くらしの中の京阪」1983年5月号より。